生态环境监测中心内设11个科室：

--综合管理室（党委办公室）

--行政管理室

--监测管理室

--质量管理室

--大气环境监测研究室

--水环境监测研究室

--土壤与生态环境监测研究室

--辐射与声环境监测研究室

--污染源监测研究室

--应急与现场监测研究室

--中心实验室